Este error se puede presentar por dos motivos:

Primero que el documento se haya duplicado de uno anterior y el sistema conserve la fecha de emisión del anterior documentos.
Segundo porque creo la factura, pero la firma y el envío del documento lo realiza en días posteriores.

Recuerde que según el anexo técnico 1.9 de la DIAN, pagina 272 "Se requiere que la fecha de emisión de la factura electrónica corresponda a la fecha de creación de la misma":

Por este motivo el sistema le puede arrojar el error "Valide que la fecha de generación de la factura se igual a la fecha de firma". Como se había confirmado esto puede ocurrir si la firma y envío del documento se realiza en días posteriores a la creación inicial de la factura.

Para corregir el error debe dar clic en el botón que dice "Invalido" sobre la factura que presenta el error:

Luego da clic en "Ver errores" y por ultimo "Corregir":

Una vez ingrese a la factura, se va a dirigir al campo "Fecha de emisión", da clic al icono del reloj, selecciona la fecha y la hora actualizada para que el sistema la tome de forma correcta:

Por ultimo Firme y emita nuevamente 

Recuerde que este error se puede evitar. Simplemente cuando duplique una factura anterior asegúrese de actualizar la fecha o si es una prefactura, antes de firmarla y enviarla ingresa al documento actualiza la fecha dando clic en el icono del reloj y la guarda para que al momento de enviarla no quede invalida.